Das grundlegende Ziel beim Basenfasten, ist es den Körper in einem physiologischen Gleichgewicht zu halten. Die Verfechter der Methode nehmen an, dass der gesunde Stoffwechsel des Menschen sich in einem Säure-Base-Gleichgewicht befindet. Die moderne Ernährung und stressreiche Lebensweise würde das Gleichgewicht zur Seite der Säuren verschieben. Sinkende Leistungsfähigkeit des Organismus, bis hin zu chronischer Müdigkeit und organischen Erkrankungen wäre die Folge. Angemerkt sei, dass diese Grundannahmen nicht durchgängig von der Schulmedizin geteilt werden.
Überprüfbar ist der „Übersäuerungsgrad“ laut dem Ehepaar Wacker, welches sich als Erfinder der Methode sieht, mithilfe eines pH-Tests des Urins. Dieser Test muss verteilt über den Tagesverlauf wiederholt werden. Liegt er häufig unter einem pH Wert von 7, also im sauren Bereich, sei der Patient übersäuert.
Entgegenwirken kann man der Übersäuerung mit einigen Ratschlägen, die allgemein in die Richtung gesunder Lebensweise zielen. Moderates Ausdauertraining, Yoga, Techniken der Stressreduktion und Reduzierung von Tabak- und Kaffeekonsum. Das eigentliche Basenfasten, wird vergleichbar zum Heilfasten, als zeitlich begrenzt und möglichst unter fachlicher Aufsicht eines Arztes oder Diätspezialisten empfohlen. Verzichtet soll während der Fastenzeit, auf Lebensmittel werden die sauer verstoffwechselt werden. Fleisch, Weißmehlprodukte, Fisch, Milchprodukte und Alkohol müssen vom Ernährungsplan gestrichen werden. Unbeschwert genossen werden dürfen „neutrale“ Getränke wie Wasser und Kräutertees, Obst und Gemüse. Das Ergebnis sei eine höhere Leistungsfähigkeit und drei bis fünf Kilogramm Gewichtsverlust pro Woche.